보건복지부는 1일자 메디칼타임즈의 <법제처, 복지부 임상시험 면제 법령해석 반려> 제하 기사와 관련, “이 문제는 법리적 문제가 아니라 조세정책과 결부되어 있고 다양한 임상시험 유형·실태를 전제로 개별 사건에 대해 판단할 사항임에 따라 ‘법령해석의 문제가 아니라 사실판단 사항이라는 이유’로 반려됐다”고 밝혔다.
또 복지부는 법제처가 복지부에서 요청한 질의 내용과 관련해 ‘부가가치세법’ 소관 부처인 기획재정부 장관의 의견을 첨부하지 않아 법령해석 요건을 충족하지 않았다고 설명했다고 덧붙였다.
아울러 복지부는 요청한 ① ‘의료행위’ 여부 ② ‘새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역’ 여부에 대한 판단이 보류된 것이라고 설명했다.
복지부는 이와 함께 임상시험 부과세 부과와 의료기관·제약사의 세부담 관련성에 대해서는 기재부와의 협의를 통해 부가가치세 유권해석일 이후 부가가치세를 부과하기로 합의했다고 밝혔다.
이에 따라 향후 의료기관은 제약사로부터 부가가치세가 포함된 대금을 받아 부가가치세를 납부하며 제약사도 의료기관에 지급한 부가가치세를 공제받게 되므로 임상시험에 부가세가 부과되더라도 의료기관, 제약사에는 부담이 없을 것으로 예상된다고 강조했다.
복지부는 또 2014년 세법 개정안에 외국법인 등에 제공하는 임상시험 용역에 영세율 적용 반영을 추가로 이끌어 냈다고 덧붙였다.
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